Hallo; das ist eine gute Frage. Ich denke zunächst einmal ist es wichtig zu wissen, worauf die verschiedenen Klassifizierungssysteme basieren. Das phylogenetische System beruft sich v.a. auf molekulargenetische Daten, wobei es um sog. Sequence alignments in betrachteten Genen versch. Arten geht. Hierbei werden also Sequenzvergleiche bestimmter DNA-Abschnitte vorgenommen und die Übereinstimmungen und Unterschiede verglichen. Auf Basis dessen (auch unter zuhilfenahme der durchschnittlichen Mutationsrate per Zeiteinheit) lassen sich dann Rückschlüsse über das Verwandschaftsverhältnis ziehen. Im künstlichen System wird auf Basis "oberflächlicherer" geteilter Merkmale klassifiziert. Etwa nach den Fortbewegungsorganen (zB Flossen) oder Bluttypen (zB. poikilotherm, homoiotherm etc.). Das natürliche System basiert auf Homologien, also artübergreifend geteilten Merkmalen, die sich aus der gemeinsamen Abstammung ergeben. Das phylogenetische System ist zwar recht genau, allerdings können einzelne Gene evolutionsgeschichtlich gut konserviert sein, während andere Artspezifisch unterschiedlicher und auch jüngerer Herkunft sein können. Dh. um akkurat zu schlussfolgern müssen sehr viele Abschnitte verglichen werden und es können mitunter teilweise unterschiedliche Ergebnisse je nach untersuchten Genen entstehen. Dementsprechend können unterstützend auch morphologische Merkmale wie etwa Homologien (klassisches Beispiel: gleiche Knochen bei unterschiedlichen Arten mit unterschiedl. Lebensstilen) herangezogen werden. Auch Ergebnisse des künstlichen Systems können nützlich sein, wenn es sich tatsächlich um gemeinsam abgeleitete Merkmale (Synapomorphien) handelt und nicht etwa einfach konvergente Evolution ( Zb. Flossen bei Fischen und auch Säugetieren wie Walen).